Rapp. Comm. int. Mer Médit., 37,2004
217
PIGMENTS IN ALGAL-MATS OF A SMALL AND SHALLOW BAY IN GREECE
M. Ladakis, M. Dassenakis* and A Pantazidou
University of Athens, Dept of Chemistry, Section III, Laboratory of Environmental Chemistry, Panepistimiopolis 157 71 Athens, Greece
Abstract
This paper describes the identification and measurement of pigments in coastal organosedimentary forms, using HPLC. Various types of
pigments were determined but Chlorophyll 
a
was the dominant one. An increasing trend was observed during spring and autumn and a
decreasing one during summer and winter. Chlorophyll-b, Pheophytyn-a and Carotenoids were also detected in considerable amounts.
Traces of Foucoxanthine and Luteine were identified in some cases. Microscopic study of the system revealed that Cyanobacteria was the
dominant group; Chlorophytes and diatoms were also present
Keywords : Pigment, chlorophyll, HPLC, algal-mat
Introduction
Photosynthetic pigments are of great importance for several
biochemical procedures in the marine environment. Chlorophylls are
the most important group of such compounds and probably the most
frequently measured biochemical parameter in oceanographic studies.
The concentration of chlorophylls re?ects the primary production and
eutrophication level in marine systems. Photosynthetic pigments also
appear in marine sediments coming from benthic ecosystems that
include many algal species. An interesting case is that of recent
stromatolites developed in some shallow Mediterranean coasts. They
are defined as organosedimentary structures produced by sediment
trapping, binding, and/or precipitation due to the growth and
metabolic activity of benthic microorganisms principally cyano-
bacteria (1). These structures consist of various colored layers. Most
of the organisms can be found in the surface layer (algal-mat). 
The concentrations of various pigments and their seasonal
?uctuation were studied in such organosedimentary structures from a
small enclosed, shallow bay near Athens, where environmental
conditions are favorable for them (Mesotrophic level, low tides,
shallow and warm waters, sunlight)(2).
Methodology
Sediment cores of about 10 cm long, were collected on monthly
basis from July 2000 to June 2001 from three different points of the
bay. Samples were fractionated in three layers: the upper one, 
0.5-1.2 mm thick that includes the algal-mat; the middle one, up to 5
cm thick, of dark color, anoxic; the third one 5 to 10 cm represents the
background sediment of the bay. 
After freeze-drying, the separated layers were sieved through
0.24mm sieves and stored under inert atmosphere, in darkness at 
–18
o
C. 
The HPLC technique was selected for the detection and
measurement of the pigments as the most accurate and reliable one.
The measurement of pigments by a Waters HPLC instrument
(600/60F) with a 996 Diode Array Detector and a C18 column,
followed their extraction procedure (3). The separation and
measurement of pigments was achieved using a system of three
eluants in a gradient elution procedure (4). Identification of
cyanobacteria was carried out by light microscope on live field and
cultured material. 
Results and discussion
The microscopic analysis of natural and cultured material taken
from the surface layer or the samples revealed that cyanobacteria was
the dominant group of the system phototrophs. Chlorophytes and
diatoms were also present but in a lesser degree. The composition of
the cyanobacteria communities of the surface layer does not differ
significantly among the samples. Six taxa of cyanobacteria were
identified. Among them the filamentous Lyngbyaaestuarii and
Microcoleus chthonoplasteswere the most abundant. Evidently, there
is a reduction of phototrophs occurring in the second black layer.
However specimens from its upper part (aprox. 1 cm deep) when put
in culture, shown growth of cyanobacteria.
A representative chromatograph of the pigments is shown in Fig. 1.
The seasonal mean values of Chlorophyll 
a
, Chlorophyll-b,
Pheophytin-a and Carotenoids are presented in Table 1.
Foucoxanthine and Luteine were detected only in traces. Increase of
all pigment concentrations was observed during springtime and
autumn and decrease during summer and winter. The relevant
concentrations in the second dark colored layer were found to be
about one order of magnitude lower.
The distribution and fluctuations of pigments in this
organosedimentary system indicate its complexity and ecological
significance. This rarely observed in Greek coasts system, is probably
affected by changes in environmental conditions and marine
pollution. These in?uences are under research in our laboratory. 
Table 1. Seasonal concentration of pigments in the upper layer of the
sediment core (in µg / g)
References
1-Lucas J.S., 2000. The Ecology of Cyanobacteria. Kluwer Academic
Publishers, pp. 63-64.
2-Ladakis M. and Dassenakis M., 2002. Physicochemical study of a
small, closed, and shallow bay‘s waters in Saronikos gulf. First Scientific
Conference of EFMS: Oceanographical aspects for a sustainable
Mediterranean. Athens 27–29 September 2002.
3-Jeffrey S.W, Mantura R.F.C., and Wright S.W., 1997. Phytoplankton
pigments in oceanography. UNESCO Publishing, pp. 269-271.
4-Jeffrey S.W, Mantura R.F.C., and Wright S.W., 1997. Phytoplankton
pigments in oceanography. UNESCO Publishing, pp. 330-333, 453-456.