Rapp. Comm. int. Mer Médit., 36,2001
104
Introduction
In the Eastern Mediterranean, mud volcanoes form when tectoni-
cally over-pressured and methane-charged mud is extruded at the
sea?oor and re-deposited as mud breccia. Seven such structures at
depths between 1600 and 2000 m were explored with the Nautilesub-
mersible during the Medinaut cruise in 1998. An important discovery
was that the central parts of the mud volcanoes actively seep methane
to the bottom waters and are covered by carbonate crust pavements
formed by precipitation of aragonite and lesser quantities of high-Mg
calcite and dolomite in the shallow pore water of mud breccia deposits
(1,2).
Materials and Methods
In order to understand the geochemical and microbiological pro-
cesses that lead to carbonate crust formation, two carbonate crusts
r e 
overed with the Nautile submersible from the Napoli and
Amsterdam mud volcanoes were investigated.We combined miner-
alogical (X-Ray diffraction) and stable isotope studies of the authi-
genic carbonate phase (2) with lipid biomarker analysis (GC, GC-MS,
HPLC), compound-specific carbon isotope measurements (3) (GC-
irm-MS) and 16SrRNA gene surveys conduced on the organic matter
extracted from the crusts.
Results and discussion
The carbonate cements have unusually low concentrations of 
13
C
indicating methane as the major source of carbon. Measured velues of
d
18
O of the Eastern Mediterranean crusts are considerably higher than
those expected for carbonates precipitating from modern eastern
Mediterranean bottom waters. Although this could re?ect precipitation
at lower temperatures, no significant temperature anomaly was mea-
sured during the Medinaut cruise. The 
18
O-enrichment is possibly due
to precipitation from 
18
O-rich water derived from the decomposition
of gas hydrates that are present in the studied mud volcanoes (1).
Other possible sources of 
18
O are the seepage of relic brines of
Messinian age that are present in the sedimentary succession of the
eastern Mediterranean and high temperature ?uid-rock interactions. 
Prior to carbonate crust formation, methane is oxidised and, at cold
seeps, this process is mediated by aerobic and/or anaerobic chemosyn-
thetic microorganisms. Simple chemical considerations predict that
aerobic methane oxidation produces acidity, favouring the dissolution
of carbonates, rather than their precipitation. Furthermore, pore water
chemical profiles in marine sediments suggest that most of the rising
methane could be consumed in the absence of oxygen. Knowledge of
the nature of the microorganisms which are involved in methane con-
sumption in anoxic environments, however, is incomplete (3,4). 
No evidence for the occurrence of aerobic bacteria performing
methane oxidation was found in the crusts, relevant diagnostic
biomarkers being virtually absent among lipids. In contrast, abundant
and highly diverse
13
C-depleted biomarkers specific of archaeabacte-
ria indicate that methane is assimilated by a diverse community of
archaea. Organic geochemical analyses also indicate that methane oxi-
dation is mediated by sulfate reducing bacteria.
Bacterial 16S rRNA gene surveys confirmed the absence of aerobic
methanotrophic bacteria. Archaeal 16S rRNA gene surveys identified
a great diversity of archaeal lineages, most of which are novel and pre-
viously uncharacterised. In agreement with lipid analyses, bacterial
16S rRNA gene surveys identified sequences of sulphateˆreducing
bacteria. These observations are consistent with the presence of a con-
sortium of prokaryotes composed of methane-consuming archaea and
sulphate reducing bacteria which is held responsible for the anaerobic
oxidation of methane in a variety of marine settings (5). 
Conclusion
Recent studies show that gas hydrate destabilisation following bot-
tom water temperature increase had profound effects on past global
climate. Authigenic carbonates formed through anaerobic methane
oxidation at cold seeps have the potential of recording such events.
The microbial processes we describe provide the easiest explanation
of their formation and could dominate at cold seeps worldwide.
Highly diverse microbial communities are involved supporting recent
propositions that microorganisms play a fundamental role in mineral
precipitation.
References
1. MEDINAUT/MEDINETH Shipboard Scientific Parties, 2000. Linking
Mediterranean brine pools and mud volcanism. EOS, Transactions81:
631-633.
2. Aloisi G., Pierre C., Rouchy J.-M. and the MEDINAUT scientific
party, 2000. Methane-related authigenic carbonates of Eastern
Mediterranean Sea mud volcanoes and their possible relation to gas-
hydrate destabilisation. Earth. Planet. Sci. Lett.184 : 321-338. 3.
3. Pancost R.D., Sinninghe Damsté J. S., de Lint S., van der Maarel
M.J.E.C., Gottshall J.C. and the Medinaut Shipboard Scientific Party,
2000. Biomarker evidence for widespread anaerobic methane oxidation
in Mediterranean sediments by a consortium of methanogenic archaea
and bacteria. Appl. Environ. Microbiol.66: 1126-1132.
4. Hinrichs K.-U., Hayes J.M., Sylva S.P., Brewer P.G. and DeLong E.F.,
1999. Methane-consuming archaeabacteria in marine sediments. Nature
398: 802-805.
5. Thiel V., J. Peckmann H.H. Richnow U. Luth J. Reitner and W.
Michaelis, 2001. Molecular signals for anaerobic methane oxidation in
Black Sea seep carbonates and a microbial mat. Mar. Chem.73: 97-112.
INTEGRATED STUDIES OF CARBONATE CRUSTS FORMED THROUGH MICROBIAL ACTIVITY
ON SUBMARINE MUD VOLCANOES
Giovanni Aloisi
1
,*, Ioanna Bouloubassi
2
, Sander K. Heijs
3
, Richard D. Pancost
4
, Catherine Pierre
1
,
Jaap S. Sinninghe Damsté
5
, Jan C. Gottschal
3
, Larry J. Forney
6
, Jean-Marie Rouchy
7
and the MEDINAUT shipboard scientific party
1
Laboratoire d'Océanographie Dynamique et de Climatologie, Université Pierre et Marie Curie, Paris, France - vanni@lodyc.jussieu.fr
2
Laboratoire de Physique et Chimie Marines, Université Pierre et Marie Curie, Paris, France
3
Department of Microbiology, Centre for Ecological and Evolutionary Studies (CEES), University of Groningen, The Netherlands
4
Organic Geochemistry Unit, School of Geochemistry, University of Bristol, Bristol BS8 1TS
5
Netherlands Institute for Sea Research, Department of Marine Biogeochemistry and Toxicology, Den Burg (Texel), The Netherlands
6
Department of Biological Sciences, University of Idaho, Moscow, Idaho, USA 
7
Laboratoire de Géologie (CNRS-ESA 7073). Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris, France
Abstract
Authigenic carbonate crusts formed through microbial methane oxidation are widespread at sea?oor cold seeps. They are a sink for
methane carbon migrating from depth or being released from shallow gas hydrates and thus, partly regulate ocean atmosphere carbon
?uxes.To investigate their formation we conducted an integrated microbial, mineralogical and organic geochemical study of authigenic
carbonate crusts recovered from mud volcanoes of the eastern Mediterranean. Our results show that carbonate crusts are formed in an
anaerobic environment through anaerobic methane oxidation. This process is mediated by diverse consortia of prokaryotes which include
previously uncharacterised methanotrophic archaeabacteria.
Keywords : Eastern Mediterranean, Mud volcanoes, Bacteria, Geochemistry, Mineralogy